توی این لینک خیلی خوب نرم افزارها و ابزارها رو بررسی کرده (ولی کمی قدیمه) اما بهترین بررسی توی نت هست

ضمنا بهترین ابزارهائی که دیدم که هم رایگان هست و هم آزاد هست و هم یه دانشگاه (و دومی مجله ی Nature) پشتش هست این دو ابزارند از ویژگی هاشون میشه به امکان آنلاین بودن اشاره کرد خیلی از امکانات نرم افزارهای دسکتاپ رو داره علاوه بر اون به مرورگر هم اضافه میشن و در حین بروز میتونین مقالاتی که دارین مشاهده میکنین به طور اتوماتیک اضافه کنین
آنلاین هم هست و همیشه در دسترس

1. Zoetro

2. Connotea

ایندو ابزار هم تحت دسکتاپ موجودند که واسه کسائی که این مدلی رو دوست دارندن عالی هستن

1. JabRef

2. Citavi که به نظرم فوق العاده ابزار خوبی هست ولی برخلاف قبلی ها بسته هست و البته محدود هرچند محدودیتش واسه اکثر کاربرها کافی هست (نسخه ی رایگان تا 100 رفرنس در هر پروژه رو ساپورت میکنه)

با این وجود ابزارهای آنلاین اند که به معنی واقعی عمل رفرنس گذاری رو ساده تر و سریعتر می کنن